Os estágios curriculares são regidos pela Lei do estágio nº 11.788/2008. O estágio curricular é necessário para que o aluno obtenha a experiência mais próxima do trabalho em uma situação real, desta forma o estudante tem a oportunidade de vivenciar os conhecimentos teóricos adquiridos em sala de aula.
Em 1999 o Hospital São José recebeu o título de Hospital Auxiliar de Ensino, porém, a instituição já recebia estagiários desde o ano de 1975, através de um convênio com a Universidade Federal de Santa Catarina.
Atualmente, o hospital recebe aproximadamente 350 estagiários por mês, nas áreas de Fisioterapia, Enfermagem, Nutrição, Farmácia, Medicina, Serviço Social, Psicologia, Técnico em Radiologia e Técnico em Enfermagem. Instituição interessada em firmar um convênio, deve entrar em contato o Centro de Ensino do Hospital São José para obter informações referentes formalização.