O Comitê de Ética em Pesquisa do Hospital São José – CEP/HSJ foi criado no ano de 2006 pelas Irmãs Líbera Mezzari e Terezinha Buss, Diretoras Geral e Financeira da época, respectivamente, além do Dr. Felipe Dal Pizzol, coordenador escolhido por unanimidade entre médicos e demais colaboradores presentes. Na oportunidade, durante cerimônia realizada, exaltou-se a importância da criação do Comitê de Ética em Pesquisa, especialmente pelo fato da instituição ser reconhecida como Hospital Ensino e possuir o Programa de Residência Médica.
Atualmente, o CEP/HSJ conta com a coordenação de Ana Paula Ronzani Panato e coordenação adjunta do Dr. Joelson Carmono Lemos. Possui 13 membros, sendo eles, coordenador e coordenador adjunto, 02 Representantes de Participantes de Pesquisa (RPP) e 09 membros relatores.