A Farmácia do HSJosé tem importância fundamental na estrutura da Instituição. Ela garante atendimento às diversas solicitações da equipe médica, 24 horas por dia.
Ela responde ainda pelo controle de qualidade dos medicamentos junto aos fabricantes e ao armazenamento em condições ideais para assegurar a eficácia terapêutica. A estocagem é feita em área climatizada.
Além disso, convênios com farmácias previamente qualificadas garantem entrega rápida de medicamentos e materiais que não pertençam ao estoque. Os farmacêuticos dão apoio terapêutico ao corpo multidisciplinar do Hospital, como suporte às prescrições relativas às interações físico-químicas e medicamentosas, estabilidade das drogas, dosagens, apresentações e informações gerais sobre medicamentos produzidos no país e no exterior. A equipe realiza manipulação asséptica de medicamentos oncológicos, o que garante qualidade e segurança para o tratamento clínico do paciente e fidelidade à prescrição do médico. Os farmacêuticos do Hospital também orientam os pacientes e seus familiares quanto ao manuseio de medicamentos injetáveis, quando é necessária a continuidade do tratamento fora do ambiente hospitalar.