Fundado em 1936, o Hospital São José pertence a Congregação das Irmãs Escolares de Nossa Senhora- IENS; entidade filantrópica e de direito privado.
A educação faz parte da essência e carisma da congregação, a qual coordena vários espaços educacionais no Brasil e em outros países.
A RESIDÊNCIA MÉDICA é uma modalidade de Ensino de Pós-Graduação destinada aos médicos em forma de especialização, treinamento em serviço, sob a orientação de profissionais médicos e credenciado pelo Ministério da Educação (MEC), com o processo seletivo para acesso aos Programas de Residência Médica (PRM) realizado anualmente por meio da Associação Catarinense de Medicina e Associação Médica do Rio Grande do Sul - ACM/AMRIGS. A Comissão de Residência Médica (COREME) é composta por um coordenador, supervisores dos programas, coordenação de ensino, direção geral do hospital e secretária. O órgão possui regimento interno e é responsável pela coordenação, planejamento, avaliação e supervisão de todas as atividades relacionadas com os PRM, estando subordinada à CEREM (Comissão Estadual de Residência Médica) e ao CNRM (Conselho Nacional de Residência Médica). Esta Comissão reúne-se ordinariamente a cada dois meses.
Atualmente o Hospital São José possui 72 vagas credenciadas pelo MEC, em cinco Programas de Residência Médica: Anestesiologia, Clínica Médica, Cirurgia Geral, Medicina Intensiva e Ortopedia e Traumatologia. Todos os Programas são credenciados pelo Ministério da Educação e Cultura (MEC). Entre as atividades desenvolvidas pelo serviço de residência médica e secretaria, estão as funções de organizar e registrar em atas as reuniões, preparação e divulgação do Edital para Processo Seletivo da Residência Médica juntamente com setor de Marketing do Hospital, organizar entrevistas com os médicos aprovados, homologar e publicar os resultados do concurso; entre outras atividades importantes.
O centro tem por objetivo, garantir, de forma progressiva e planejada, a melhoria da qualidade da atenção à saúde, do ensino, da pesquisa e da gestão oferecidos pelos Hospitais de Ensino. Possibilitar qualidade na formação de novos profissionais de saúde e da educação permanente em saúde para os profissionais já atuantes, priorizando as áreas estratégicas do SUS.
O Programa de residência médica do HSJosé existe desde 1998, quando foi realizado o primeiro concurso para o Programa de Residência Médica, oferecendo quatro vagas no Programa de Cirurgia Geral e, logo após, em 1999, foi implantado o Programa de Residência Médica, tendo o Dr. João de Bonna Castelan Filho como primeiro preceptor.
Com a implantação do PRM, o hospital reafirmou sua postura em busca de soluções para os problemas de saúde da população, através da pesquisa e da extensão do conhecimento. Desde novembro de 2007, através das atividades sistematizadas na área educacional, por acolher estágios acadêmicos em diferentes especialidades, pela Portaria Interministerial nº 3.018, o Hospital São José é credenciado pelo Ministério da Educação como Hospital Ensino, dando possibilidade ao desenvolvimento do ensino e da pesquisa na área da saúde, em suas dependências.