A pesquisa clínica é coordenada pelo Centro de Pesquisa Clínica (CPC) do Hospital São José que é um órgão de caráter multidisciplinar e multiprofissional que tem por finalidade coordenar as atividades de pesquisa clínica, no âmbito da Instituição, visando promover a geração de conhecimento, a atualização da prática clínica, investigação das doenças e novos tratamentos para os pacientes e o reconhecimento do HSJ como referência nacional e internacional em pesquisas na área da saúde. O CPC da suporte a diferentes Grupos de Pesquisa Clínica focados principalmente nas áreas de anestesiologia, cardiologia, oncologia, infectologia, reumatologia, pneumologia, nefrologia e medicina intensiva. O CPC tem dado suporte para a execução de protocolos de pesquisa clínica patrocinadas pela Indústria Farmacêutica assim como pelo Ministério da Saúde e outras agências de fomento governamentais.
O serviço de pesquisa é desenvolvido por uma equipe multidisciplinar especializada em protocolos de clínica de nível local, nacional e internacional oportunizando à população tratamentos com medicamentos inovadores para as doenças. A equipe do centro de pesquisa possui treinamento em Boas Práticas Clínicas (GCP), conhecimento das regulamentações nacionais e internacionais para a condução de estudos clínicos e certificação para o transporte de material biológico via aérea segundo normas internacionais da International Air Transport Association – IATA.
O centro de pesquisa possui uma estrutura administrativa e locais para infusão de medicamentos, triagem, consulta, monitorias, farmácias e processamento de amostras biológicas para análise e transporte.
Atualmente, existem pesquisas em desenvolvimento nos diferentes segmentos da saúde. As pesquisas acadêmicas têm a participação de alunos das faculdades e universidades conveniadas com a instituição. As pesquisas clínicas estão distribuídas nas áreas de maior complexidade como anestesiologia e dor peri-operatória, cardiologia, oncologia, infectologia, pneumologia, reumatologia e medicina intensiva. Algumas pesquisas clínicas estão relacionadas com curso de pós graduação sctricto sensu, estágios de pós doutorado e residência médica. Importante mencionar que possuímos um núcleo de pesquisa em medicina intensiva, altamente produtivo, participante de estudos multicêntricos nacionais e internacionais. Todas as pesquisas clínicas em desenvolvimento são todas aprovada pelo CEP (Comitê de Ética em Pesquisa) do próprio hospital.
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